活性标注的化合物骨架数据库(ASDB)

  发现具有新颖化学骨架的活性先导化合物是药物化学的重要任务。因此,化合物骨架的概念在药物化学和化学信息学中引起关注。一个药物靶标一般有多个化合物骨架的配体,一个化学骨架也可能同时作用于多个药物靶标,这就形成了骨架-靶标之间多对多的网络关系。构建骨架与靶标之间的网络关系数据库,并围绕每一个化合物骨架进行丰富的活性标注,包括基本结构ID信息,物理化学性质、相关的药物、天然产物、药物靶标等信息。我们利用ChEMBL数据库,提取化合物骨架的结构信息以及靶标信息,同时对每个骨架建立唯一的骨架ID,并将骨架ID链接药物数据库DrugBank, 天然产物数据库TCMSP, 蛋白靶标数据库UniProt。同时,ASDB提供系列检索工具,包括全结构,子结构检索,相似度检索(2D/3D),以及文本检索。同时ASDB提供在线构建骨架-靶标网络服务,可以基于用户提供的骨架或者靶标,构建骨架与靶标之间的关系。这为多靶标的药物设计提供思路。





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  该数据库包含千万级小分子化学构象,数万条靶标数据(超过5万条),实现了小分子结构与靶标信息数据在线检索引擎。

  案例1:利用ASDB查询醛糖还原酶抑制剂的所有化学骨架

  案例2:利用ASDB对二苯乙烯类化合物抗菌作用的靶标进行预测

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